Звездолет с пришельцами приземлился на нашей планете.
Звездные охотники - космические монстры начинают кровавую охоту на беззащитных людей. Игроки футбольной команды и молоденькие болельщицы, возвращаясь домой после игры, становятся подходящими мишенями для космической охоты.

Мутанты продолжают борьбу против общества, которое страшит их, и которому они не доверяют. Их положение становится ещё более отчаянным, когда они подвергаются мощной атаке неизвестного противника, обладающего экстраординарными способностями. Внезапное нападение снова становится причиной политического и общественного резонанса по поводу введения повсеместной регистрации мутантов и причиной образования движения против мутантов, возглавляемого Уильямом Страйкером, бывшим военным, который, по слухам, проводил опыты над мутантами.
Работа Страйкера была каким-то образом связана с таинственным прошлым Логана, которое он не помнит. Как только Росомаха начинает пытаться разгадать своё прошлое, Страйкер активирует свою программу, направленную против мутантов, т.е. организует штурм на дом профессора Ксавье. Сбежавший из пластиковой тюрьмы Магнето предлагает Людям Икс объединиться и сражаться вместе против их общего устрашающего врага Страйкера.
На этот раз Люди ИКС сталкиваются с самой серьёзной задачей, которая когда-либо стояла перед ними: сейчас в их руках судьбы не только всех мутантов, но и всего человечества.

«Люди Икс: последняя битва» - кульминация трилогии о Людях Икс. Впервые у мутантов появляется выбор: сохранить свою уникальность, которая, однако, изолирует и отчуждает их от людей, или излечиться от своих способностей и стать такими, как все. Разногласия предводителей мутантов, Чарльза Ксавьера и Магнето, подвергаются решающей проверке, положив начало войне, которая может стать последней на земле.