В недалёком будущем семье профессора Джона Робинсона предстоит первой поселиться на другой планете. Пилотируемый Доном Уэстом космический корабль "Юпитер 2" стартует на "Альфу Прайм", единственную пригодную для жизни планету в другой звёздной системе. Но во время полёта на корабле вследствие диверсии произошёл сбой систем, в результате чего корабль сильно отклонился от курса, и теперь его экипажу предстоит напрячь все силы для того, чтобы завершить свою миссию и спастись от смерти в далёком космосе…

Война против жуков продолжается. Звездолёт Федерации терпит крушение на далёкой планете инопланетян OM-1, переплетая судьбы влюблённого командира, маршала космических войск Энока, и некоторых других персонажей, включая миловидную, хотя и жёсткую пилота Лолу Бек. Это заставляет генерала-полковника Джонни Рико, героя сражений во времена первого вторжения жуков на планету П, повести группу десантников на отважную спасательную миссию.

Катаклизмы, регулярно сотрясающие Землю, случаются все чаще и становятся все сильнее. Правительство США проводит секретное расследование причин этой непонятной серии катастроф. Расследование возглавляют ученый-геолог из Чикагского университета Джош Кейес (Аарон Экхарт) и его коллега Серж Левек (Чеки Карио). Они приходят к выводу, что ядро Земли перестало вращаться; из-за этого электромагнитное поле Земли разряжается, что приводит к катастрофическим последствиям. Кейес привлекает к работе еще одного коллегу - доктора Конрада Зимски (Стэнли Туччи), славящегося надменным поведением и необычными идеями в области геологии. В глубине души Кейес надеется, что Зимски опровергнет его теорию, но раз в кои-то веки патологический упрямец Зимски с ним соглашается! Ученые сообщают результаты своих исследований правительству и военным, которые согласны предоставить в их распоряжение любые ресурсы, для того чтобы спасти мир. Зимски знакомит Кейеса со своим приятелем - сумасшедшим теоретиком-экспериментатором доктором Эдвардом Брэзлтоном (Делрой Линдо). Доктор Брэзлтон живет отшельником в соляной пустыне штата Юта, где никто не мешает ему создавать уникальную лазерную установку, способную бурить породы любой степени твердости.